Les feuilles d'estragon sont utilisées, fraîches ou séchées ou en poudre pour aromatiser des plats, ainsi que les conserves au vinaigre (cornichons, variantes).
L'estragon fait partie des fines herbes. Il donne la saveur principale de la sauce béarnaise ou de la sauce gribiche.
Les feuilles sont aussi utilisées pour l'élaboration d'une liqueur d'estragon, une spécialité provençale.